Tìm vị trí gắn kết trên phân tử DNA và protein của các phân tử nhỏ bằng phương pháp AB-INITIO

Abstract

Sử dụng lượng tử, tính toán trực tiếp tương tác của phối tử với đại phân tử. Bằng việc thêm các subroutine đã nâng cấp phần mềm SQUARED thành phần mềm SQDNA và SQDOCK để sử dụng cho các nghiên cứu về DAN và protein. Sử dụng phần mềm SQDNA cho nghiên cứu gắn kết các phối tử nhỏ lên chuỗi phân tử DNA, cho kết quả: sự gắn kết phụ thuộc vào độ phân cực của phối tử, kích thước của phối tử, số lượng nguyên tử có thể tạo liên kết hiđrô; khẳng định các bazơ khác nhau, vị trí của bazơ khác nhau có ảnh hưởng đến khả năng gắn kết của phối tử lên DNA. Với phân tử protein khi sử dụng phần mềm SQDOCK cho nghiên cứu gắn kết các phối tử lên phân tử protein; đã xác định cấu trúc đám hình thành sau gắn kết, tìm được vị trí mà phối tử gắn kết tốt nhất trên protêin