Núi Chứa Chan có 54 loài Lưỡng cư - Bò sát thuộc 41 giống, 20 họ, 3 bộ; có 11 loài có tên trong Sách Đỏ Việt Nam (2007); 4 loài trong Danh lục Đỏ IUCN (2021); 9 loài trong Nghị định 06/2019 NĐ-CP của Chính phủ; ghi nhận lại 2 loài (Thằn lằn ngón huỳnh, Tắk kè đá russell train) đặc hữu tại nhúi Chứa Chan. Khu hệ Lưỡng cư - Bò sát tại núi Chứa Chan khá đa dạng về họ, bộ và ít đa dạng về loài; Sinh cảnh 5 nhiều nhất có 52 loài; tiếp theo là sinh cảnh 4 có 30 loài; sinh cảnh 1 có 27 loài; sinh cảnh 3 có 24 loài và ít nhất là sinh cảnh 2 có 20; dưới đất chiếm đa số ghi nhận có 33 loài; trên cây có 12 loài; trong hang có 7 loài; dưới nước ít nhất có 2 loài; hiện nay còn tồn tại 3 mối đe dọa...